Gửi tin nhắn
Liên hệ chúng tôi
Selina

Số điện thoại : +86 13989889852

WhatsApp : +8613989889852

Hủy bỏ sự phức tạp, tính tương đồng Chi tiết trong phân tích bộ gen mở rộng

April 27, 2020

A massive undertaking involving more than 1,300 scientists from 37 countries reported in 23 papers shows the results of analyzing 47 million genetic changes in 2,600 genomes of 38 different tumor types. Một cam kết lớn với hơn 1.300 nhà khoa học từ 37 quốc gia được báo cáo trong 23 bài báo cho thấy kết quả phân tích 47 triệu thay đổi di truyền trong 2.600 bộ gen của 38 loại khối u khác nhau. The Pan-Cancer Analysis of Whole Genomes (PCAWG) presented what the researchers called “the most comprehensive study of whole cancer genomes to date.” Phân tích toàn bộ bộ gen ung thư (PCAWG) đã trình bày những gì các nhà nghiên cứu gọi là nghiên cứu toàn diện nhất về bộ gen ung thư cho đến nay.
Tận dụng các công nghệ tin học tuần tự và tính toán mới nhất, các nhà nghiên cứu, chia thành 16 nhóm làm việc, mở ra cánh cửa cho sự phức tạp di truyền và sự tương đồng trong bệnh ung thư, và đưa ra những hiểu biết có thể thúc đẩy những khám phá và điều trị cuối cùng.
PCAWG analyzed whole genomes rather than the more common approach of sequencing only protein-coding regions. PCAWG đã phân tích toàn bộ bộ gen chứ không phải là cách tiếp cận phổ biến hơn chỉ giải trình tự các vùng mã hóa protein. They produced 1,188 tumor transcriptomes to link RNA and DNA alterations and explored genetic drivers, tumor signatures, and virus DNA found in cancers. Họ đã tạo ra 1.188 bản sao khối u để liên kết sự thay đổi RNA và DNA và khám phá các trình điều khiển di truyền, chữ ký khối u và DNA virus được tìm thấy trong bệnh ung thư. These analyses generated more than 800 terabytes of data, roughly equivalent to the storage required for 200,000 movies. Những phân tích này đã tạo ra hơn 800 terabyte dữ liệu, gần tương đương với dung lượng lưu trữ cần thiết cho 200.000 phim.
PCAWG found cancer-driver mutations for 95% of cases, and that on average each cancer genome has four or five drivers. PCAWG đã tìm thấy đột biến trình điều khiển ung thư cho 95% trường hợp và trung bình mỗi bộ gen ung thư có bốn hoặc năm trình điều khiển. Sizable minorities of cancers showed signs of chromoplexy (17.8%) or chromothripsis (22.3%), reflecting complex and chaotic rearrangement processes. Các nhóm thiểu số khá lớn của bệnh ung thư có dấu hiệu nhiễm sắc thể (17,8%) hoặc nhiễm sắc thể (22,3%), phản ánh các quá trình sắp xếp lại phức tạp và hỗn loạn. The researchers found that genetic changes leading to cancer occur early on—sometimes decades in advance of diagnosis. Các nhà nghiên cứu phát hiện ra rằng những thay đổi di truyền dẫn đến ung thư xảy ra sớm trên đôi khi trong nhiều thập kỷ trước khi chẩn đoán.
The investigation also uncovered genetic drivers in noncoding DNA, like noncoding regions of the tumor-suppressor gene TP53 and of the telomerase gene TERT. Cuộc điều tra cũng đã phát hiện ra các trình điều khiển di truyền trong DNA không mã hóa, như các vùng không mã hóa của gen ức chế khối u TP53 và của gen telerase TERT. Another PCAWG team characterized mutational signatures using more than 84 million somatic mutations from 4,645 whole-genome and 19,184 exome sequences to describe 81 signatures including single- doublet- and clustered-base-substitutions as well as small insertion-and-deletion signatures, many not previously identified. Một nhóm PCAWG khác đã mô tả các chữ ký đột biến bằng cách sử dụng hơn 84 triệu đột biến soma từ 4.645 toàn bộ bộ gen và 19.184 trình tự exome để mô tả 81 chữ ký bao gồm cả thay thế một cặp và cơ sở cụm, cũng như các chữ ký chèn và xóa nhỏ, nhiều chữ ký đã xác định trước đó. In a first, another team identified 16 structural variants involving large rearrangements. Trong một lần đầu tiên, một nhóm khác đã xác định 16 biến thể cấu trúc liên quan đến sắp xếp lại lớn.
Một phân tích về virus liên quan đến ung thư đã làm nổi bật sự phổ biến của virus Epstein, Barr, virus viêm gan B và papillomavirus ở người.
All the PCAWG papers, published in Nature and related journals, are open access at nature.com/collections/afdejfafdb. Tất cả các bài báo của PCAWG, được xuất bản trên tạp chí Nature và các tạp chí liên quan, đều có quyền truy cập mở tại Nature.com/collections/afdejfafdb. The researchers' raw genome sequencing data and other resources also are available to researchers. Dữ liệu giải trình tự bộ gen thô của các nhà nghiên cứu và các tài nguyên khác cũng có sẵn cho các nhà nghiên cứu.
NHỮNG CÂU HỎI THƯỜNG GẶP Ở TRẺ EM, QUẢNG CÁO
About one-quarter of opioid poisonings occur in children and adolescents, and poisoning incidents have become more severe in recent years, according to an abstract presented at the Society of Critical Care Medicine's annual congress. Khoảng một phần tư ngộ độc opioid xảy ra ở trẻ em và thanh thiếu niên, và các vụ ngộ độc đã trở nên nghiêm trọng hơn trong những năm gần đây, theo một bản tóm tắt được trình bày tại Đại hội thường niên của Hiệp hội Y học Chăm sóc Quan trọng. The retrospective study of more than 750,000 opioid poisoning cases reported to the National Poison Data System from 2005 to 2018 found that 27.5% (207,543) of cases occurred in patients younger than age 19. Nghiên cứu hồi cứu hơn 750.000 trường hợp ngộ độc opioid được báo cáo cho Hệ thống Dữ liệu Ngộ độc Quốc gia từ năm 2005 đến 2018 cho thấy 27,5% (207.543) trường hợp xảy ra ở bệnh nhân dưới 19 tuổi.
Trend analysis over three eras (2005–2009, 2010–2014, and 2015–2018) showed that the percentage of patients admitted to critical care units and deaths increased over time; Phân tích xu hướng qua ba thời đại (20052002009, 2010 2015, 2015 2015 và 2015 2015) cho thấy tỷ lệ bệnh nhân được đưa vào các đơn vị chăm sóc quan trọng và tử vong tăng theo thời gian; 6.6%, 8.5%, and 9.6% and 0.18%, 0.20%, and 0.28%, respectively. Lần lượt là 6,6%, 8,5% và 9,6% và 0,18%, 0,20% và 0,28%. The probability of having a moderate or major effect also rose, by 0.55% and 0.11%, respectively. Xác suất có tác động vừa hoặc lớn cũng tăng, lần lượt là 0,55% và 0,11%.
Ngộ độc opioid với ý định tự tử tăng lên trong ba khoảng thời gian, từ 13,9% lên 21,2%.
Trong một báo cáo được công bố riêng biệt, các nhà nghiên cứu cho biết họ đã quan sát thấy hai sự phân bố tuổi cao nhất đối với ngộ độc opioid, ở trẻ em từ trẻ sơ sinh đến 4 tuổi và ở thanh thiếu niên từ 15 đến gần 19.
BỘ SƯU TẬP KHẨN CẤP QUÁ TRÌNH KIỂM TRA CHO BỆNH NHÂN ĐA DẠNG
Theo các tác giả, chụp cắt lớp phổi chụp cắt lớp vi tính (CTPA) được sử dụng quá mức trong chẩn đoán thuyên tắc phổi (PE), nhấn mạnh nhu cầu khẩn cấp để phổ biến và thực hiện các giao thức để giảm quét CTPA năng suất thấp, bao gồm cả xét nghiệm D-dimer, theo các tác giả của một nghiên cứu kiểm tra thực hành của khoa cấp cứu (ED) liên quan đến xét nghiệm liên quan đến PE (Circ Cardascasc Qual results 2020; 13: e005753).
The study, a cross-sectional analysis of electronic health record and billing data from 16 EDs in Indiana and 11 hospitals in the Dallas-Fort Worth area, identified ED patients who underwent any of the following, including D-dimer testing, CTPA, scintillation ventilation perfusion lung scanning, or pulmonary angiography. Nghiên cứu, phân tích cắt ngang hồ sơ sức khỏe điện tử và dữ liệu thanh toán từ 16 ED ở Indiana và 11 bệnh viện ở khu vực Dallas-Fort Worth, đã xác định các bệnh nhân ED đã trải qua bất kỳ điều nào sau đây, bao gồm xét nghiệm D-dimer, CTPA, scintillation thông khí quét phổi, hoặc chụp động mạch phổi. Out of 1.83 million patient encounters, 5.3% had a diagnostic test for PE. Trong số 1,83 triệu người gặp bệnh nhân, 5,3% đã có xét nghiệm chẩn đoán PE. Nearly 60% of all patients who had tests for PE underwent CTPA without D-dimer testing. Gần 60% tất cả bệnh nhân đã được xét nghiệm PE đã trải qua CTPA mà không cần xét nghiệm D-dimer. About 21% of CTPA took place in women younger than age 45, who are at greater risk of cancer from CTPA radiation exposure, according to the authors. Theo các tác giả, khoảng 21% CTPA diễn ra ở phụ nữ dưới 45 tuổi, những người có nguy cơ mắc ung thư cao hơn do tiếp xúc với bức xạ CTPA.
Hiệu suất chẩn đoán gộp của CTPA cho PE là 3,1%, với tỷ lệ 1,3% ở Indiana EDs và 4,8% ở các cơ sở Dallas-Fort Worth.
Bệnh nhân ở Indiana ít có khả năng hơn những người ở Dallas-Fort Worth được xét nghiệm D-dimer trước CTPA (tương ứng 30% so với 52%), có thể phản ánh tác động của một sáng kiến ​​cải tiến chất lượng được nhắm mục tiêu đã diễn ra ở Dallas-Fort Worth để tăng sử dụng xét nghiệm D-dimer ở ​​những bệnh nhân có nguy cơ thấp.
The data imply that “D-dimer ordering correlates with an increased yield rate of PE on CTPA,” wrote the investigators. Dữ liệu ngụ ý rằng việc đặt hàng D-dimer tương quan với tỷ lệ tăng năng suất PE trên CTPA, đã viết cho các nhà điều tra. “This relationship suggests but does not prove a positive cause-effect relationship between rate of D-dimer ordering and PE yield.” Mối quan hệ này cho thấy nhưng không chứng minh mối quan hệ nguyên nhân tích cực giữa tỷ lệ đặt hàng D-dimer và sản lượng PE.